En la primera expedición (Atlantis: El Imperio Perdido), Milo y sus compañeros hallaron la célebre ciudad mítica de Atlantis y rescataron al enigmático reino y a sus habitantes. Ahora, Milo, Kida y su equipo se embarcarán en nuevas peripecias y descubrirán que han adquirido poderes extraordinarios. En su nueva misión, el grupo se enfrentará a gigantescos monstruos marinos, espectaculares espíritus y poderosas leyendas, viajando desde el árido desierto del suroeste hasta las gélidas montañas del norte. A lo largo de esta travesía, Kida desvela el asombroso poder de los cristales mágicos de su ciudad y debe decidir si oculta esa fuerza en el Corazón de Atlantis o si la comparte con el resto de su gente... Secuela directa en formato de video de la película de Disney de 2001.