En un Japón del futuro, la joven Motoko Kusanagi, conocida como 'la Mayor' Mira Killian, lidera un equipo de élite llamado Sección 9, encargado de combatir el ciberterrorismo y los delitos tecnológicos. La unidad de operaciones encubiertas es dirigida por Aramaki, y entre sus destaca Batou, un exmilitar considerado uno de los agentes más feroces del equipo. Sin embargo, tras una misión peligrosa, el cuerpo de Kusanagi sufre graves daños, lo que la lleva a someterse a una cirugía para trasplantar su cerebro en un cuerpo cibernético. Este nuevo cuerpo artificial le otorgará habilidades sobrehumanas, esenciales para llevar a cabo su labor.
