Un Japón distópico, dentro de dos décadas. La proliferación de perros ha alcanzado niveles epidémicos en Megasaki. Ante un brote de gripe canina, el Alcalde Kabayashi emite una orden de emergencia que establece la cuarentena. Isla Basura se convierte en el destino al que son enviados todos los perros. Allí, un grupo de temibles perros alfa, liderados por Chief, ha perdido toda esperanza de reunirse con sus dueños. Sin embargo, un día llega Atari, un chaval de 12 años, sobrino del siniestro Alcalde, quien aterriza en la isla pilotando un avión. Su misión es encontrar a su perro, Spots. Esté donde esté, el niño y su manada de perros lo localizarán.
