Crows Zero 3 tiene lugar en el instituto masculino Suzuran, un mes después de la graduación de Takiya Genji, uno de los protagonistas de las entregas anteriores. La vacante dejada por Genji se abre y un nuevo estudiante transferido al centro, Kaburagi Kazeo, se enfrenta a Kagami Ryohei en su intento por ocupar el puesto.
