Tras ser expuestas a una misteriosa sustancia química conocida como Ooze, cuatro tortugas que habitan en las alcantarillas de Nueva York sufren una transformación radical y se convierten en enormes tortugas. Ahora poseen la capacidad de hablar y caminar como seres humanos. Bajo la tutela de una anciana y sabia rata (el Maestro Splinter), Leonardo, Miguel Ángel, Donatello y Rafael aprenderán técnicas de artes marciales para enfrentarse a los criminales más peligrosos. Sus adversarios son los integrantes de una organización secreta llamada "El clan del pie", liderada por Shredder, quien aspira a dominar el mundo.
